植物呼吸作用发生在细胞的那一结构中

地上部分主要是在线粒体中，细细质基质中也有。而地下部份主要是在细细质基质中

植物呼吸作用消耗的有机物只来自于光合作用？

是的。有机化肥中的有机物一般不能被植物利用。有机肥优于无机肥的原因是：1.矿质元素全面；2.不易随灌溉流失，利用较缓；3.改善微环境，因为有机肥可以吸引大量腐生菌和动物，而这些动物许多对植物有利（如蚯蚓，能松土）。而不是因为有机肥中有能被植物呼吸消耗供能的成分。除非这肥里有小分子糖等，但我相信没人用糖水浇植物。
另：有机物中尿素可以被植物吸收，但尿素不能被氧化供能。尿素仅能供氮。

植物的呼吸作用产不产生二氧化碳

植物细胞有氧呼吸产生二氧化碳。
但植物细胞的无氧呼吸却不一定，大部分细胞无氧呼吸产生酒精和二氧化碳，少数的植物细胞无氧呼吸只产生乳酸，不产生二氧化碳。

种子是如何进行呼吸作用的？

种子萌发及植物其他各项生命活动所需要的能量，都储存在细胞内的各种有机物中。有机物中储存的能量是通过呼吸作用释放出来的。

生物体都能够利用氧气将细胞内的有机物分解为二氧化碳和水，同时释放出有机物中储存的能量。生物体的这一过程就是呼吸作用。呼吸作用释放的能量除了满足生物体生命活动需要以外，还有一部分转变成热，释放出来。种子的萌发能够产生大量的热，就是这个原因。

种子萌发时的呼吸作用与吸水过程相似，也可分为三个阶段：

（1）种子吸胀吸水阶段，呼吸作用也迅速增强。此时的呼吸主要是无氧呼吸，由已存在于种子细胞中、在吸水后活化的酶所催化；

（2）吸水停滞阶段，呼吸也停滞；

（3）再次大量吸水阶段呼吸作用又迅速增强。此时胚根突破种皮，进入有氧呼吸阶段。